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IMPACTO DE MICROARRAYS Y SECUENCIACIÓN MASIVA (NGS)
EN EL ÁREA AGROPECUARIA


Lugares de realización:
Ciudad de La Plata
Sede 1:Centro Científico Tecnológico CONICET La Plata (Calle 8 Nº 1467, La Plata, Buenos Aires, Argentina).
Sede 2: Aula Zaccardi. Facultad de Cs. Veterinarias UNLP (Calle 60 y 118, La Plata, Buenos Aires, Argentina).

Conferencias plenarias


Programa

Actividad gratuita.
Requiere inscripción previa.
Cupos limitados.

Lunes 25


Lugar de realización:
Centro Científico Tecnológico CONICET La Plata (Calle 8 Nº 1467).

09:00 - 09:30

Acreditación

09:30 - 10:00

Axiom® Genome-Wide Human Origins: from array selection to data analysis.
Dra Kelly Nunes, Instituto de Biociencias, Universidad de San Pablo, Brasil.

10:10 - 10:45



Aplicación de herramientas genómicas en la mejora animal: un ejemplo práctico en búfalos lecheros.
Dr. Daniel J. de A. dos Santos, Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinarias, Universidad Estatal Paulista, San Pablo, Brasil.

10:50 - 11:00

Pausa - Café.

11:10 - 10:45



Análisis de poblaciones bovinas de Argentina y Bolivia mediantes microarreglos de alta densidad.
Dr. Guillermo Giovambattista, IGEVET (UNLP-CONICET LA PLATA), Facultad de Cs. Veterinarias UNLP.

11:50 - 12:25


Los genes vienen en segmentos: predicción del mérito genético de arriba hacia abajo.
Dr. Rodolfo J.C. Cantet, Facultad de Agronomía, INPA (UBA-CONICET).

12:30 - 13:00

Preguntas. Discusión. Cierre.

Primer Módulo: Microarreglos


Curso Teórico-Práctico

Fecha: 25 al 29 de abril de 2016
Lugar de realización: Centro Científico Tecnológico CONICET La Plata (Calle 8 Nº 1467).
Actividad arancelada.
Requiere inscripción previa.
Cupos limitados.
Todos los inscriptos deberán asistir con su computadora portable.

Lunes 25

Actividades teórico-prácticas.
Lugar de realización: Auditorio del CCT-CONICET La Plata
Franja horaria: 14:00 a 18:00

Conocimientos básicos sobre el análisis de muestras mediante microarreglos.
• Introducción a las aplicaciones de las tecnologías de microarreglos de SNPs y expresión génica. Tecnologías disponibles. Tecnología Axiom.
• Fundamentos del análisis de microarreglos mediante la tecnología Axiom. Discusión de los puntos críticos para la preparación de las muestras y la carga de datos asociados. Efecto sobre los análisis posteriores.
• Trabajo práctico utilizando la consola Axiom_analysis_suite a partir de datos genotípicos. Exportación de resultados de salida y análisis de los resultados.

Martes 26

Actividades teórico-prácticas.
Franja horaria: 09:30 a 18:00
Recuerde asistir con su computadora portable.

Uso de herramientas bioinformáticas para el análisis de datos genómicos.
Parte I. Dr. Daniel J. de A. dos Santos.
• Manipulación de datos genómicos.
• Control de calidad y descripción de los datos genómicos.
• Análisis de desequilibrio de ligamiento.
• Estudio de asociación del genoma completo (GWAS). Prospección de genes de efecto mayor.
• Selección genómica.

Miércoles 27

Actividades teórico-prácticas.
Franja horaria: 09:30 a 18:00
Recuerde asistir con su computadora portable.

Uso de herramientas bioinformáticas para el análisis de datos genómicos.
Parte II. Docentes del IGEVET.
• Estructura lógica de los datos de microarreglos (genotipos, mapas de SNP e información de Individuos). Organización de los datos y archivos básicos.
• Herramientas bioinformáticas para el procesamientos de datos a nivel genómico.
• Control de calidad. Impacto de los errores de lectura, errores de muestreo y parentesco de los individuos.
• Metodología de asociación tipo caso/control. PLINK.
• GWAS. Visualización de los resultados de asociación. Manhatan y QQplot.
• Exportación de los resultados a otros programas y buscadores. Haploview, UCSC.
• Imputación alélica: fundamentos, aplicaciones, algoritmos, software, ejemplo práctico.

Jueves 28

Actividades teórico-prácticas.
Franja horaria: 09:30 a 18:00
Recuerde asistir con su computadora portable.

Análisis de perfiles de expresión génica con oligo-microarreglos.
Dr. Martín Abba
• Introducción al pre-procesamiento (control de calidad, anotación de sondas), análisis estadístico y representación gráfica (mapas de calor, diagramas de dispersión, conglomerados jerárquicos) de perfiles de expresión génica de la plataforma Affymetrix.
• Creación y manipulación de perfiles de expresión con diversos paquetes y funciones de R/Bioconductor.

Viernes 29

Actividades teórico-prácticas.
Franja horaria: 09:30 a 18:00
Recuerde asistir con su computadora portable.

Huellas de selección, estructuración poblacional y mezcla génica.
Dr. Sebastián Munilla y docentes del IGEVET.
• Huellas de selección y variaciones en el número de copias (CNV).
• Detección de aberraciones cromosómicas mediante métodos moleculares. Importancia de la variación del número de copias (CNV), detección por métodos tradicionales y por microsatélites. Fundamento teórico de la estimación. Práctica de análisis de deleciones con el software Axiom CNV Tool 1.1.
• Evaluación online.

Segundo Módulo: Secuenciación de nueva generación (NGS)


Curso Teórico-Práctico

Fecha: 2 al 6 de mayo de 2016
Lugar de realización: Centro Científico Tecnológico CONICET La Plata (Calle 8 Nº 1467).
Actividad arancelada.
Requiere inscripción previa.
Cupos limitados.
Todos los inscriptos deberán asistir con su computadora portable.

Lunes 2

Actividades teórico-prácticas.
Franja horaria: 09:30 a 18:00
Recuerde asistir con su computadora portable.

Introducción
• Aplicaciones de la tecnología NGS. Tecnologías. Construcción de librerías.
• Tipos de archivos utilizados en NGS.
• Utilización de las herramientas de Galaxy para datos de NGS.
• Bioconductor.
• Líneas de comandos.
• Pyton.

Martes 3

Actividades teórico-prácticas.
Franja horaria: 09:30 a 18:00
Recuerde asistir con su computadora portable.

Análisis de perfiles de expresión génica basados en NGS.
Dr. Martín Abba
• Control de calidad de secuencias, manipulación de archivos BAM, pre-procesamiento, anotación de genes, análisis estadístico y representación gráfica (mapa de calor, análisis de componentes principales, conglomerados jerárquicos) de perfiles de expresión génica de la plataforma Illumina HiSeq.
• Creación y manipulación de perfiles de expresión con diversos paquetes y funciones de R/Bioconductor.

Miércoles 4

Actividades teórico-prácticas.
Franja horaria: 09:30 a 18:00
Recuerde asistir con su computadora portable.

Re-secuenciación de genomas.
• Flujo de trabajo de secuencias a nivel genómico en bioinformática.
• Diseño de librerías genómicas para la captura de genes candidatos (DesignStudio, ILLumina).
• Obtención de secuencias crudas. Filtrado por calidad (Trinnomatics). Alineamiento de secuencia (BWA). Filtrado de los alineamientos (GenomeAnalysisTK-GATK). Detección y validación de polimorfismos de tipo SNP e INDELS. Anotación.

Jueves 5

Actividades teórico-prácticas.
Franja horaria: 09:30 a 18:00
Recuerde asistir con su computadora portable.

SNPs e INDELs
• Detección de variabilidad genética (SNPs e INDELs).
• Anotación de SNPs e INDELs.

Viernes 6

Actividades teórico-prácticas.
Franja horaria: 09:30 a 18:00
Recuerde asistir con su computadora portable.

Uso del software Eureka Analysis Suite
Dr Mohini Patil.
• Eureka Genotyping Solution – Doing more for less. (Eureka, una solución para la genotipificación: Hacer más con menos).
• Conclusiones generales.
• Evaluación online.

Plantel docente

Docentes de IGEVET

Dra. Pilar Peral García, Investigadora Principal del CONICET.
Dr. Guillermo Giovambattista, Investigador Principal del CONICET.
Dr. Juan Pedro Lirón, Investigador Adjunto del CONICET.
Dr. Sebastián Demyda Peyrás, Investigador Adjunto del CONICET.
Dr. Andrés Rogberg-Muñoz, Investigador Asistente CONICET.
Dra. María Elena Fernández, Investigadora Asistente del CONICET.
Dr. Daniel E Goszczynski, Becario Doctoral del CONICET.
Dr. Leonidas Hernán Olivera, Informático del CONICET.
Dr. Hernán Morales Durand, Informático del CONICET.
Dr. Diego M Posik, Profesional de Apoyo CONICET, Docente-Investigador UNLP.
Dra. Egle V. Castagnasso, Profesional de Apoyo CONICET, Docente-Investigador UNLP.
Dra María Eugenia Zappa, Profesional de Apoyo CONICET.

Docentes invitados

Dr. Rodolfo J.C. Cantet, Investigador Principal del CONICET. INPA (UBA-CONICET). Departamento de Producción, Facultad de Agronomía, UBA.
Ing. Agr. Sebastián Munilla, Departamento de Producción Animal, Facultad de Agronomía, UBA.
Dr. Martín Abba, Investigador Independiente del CONICET. CENIBA, Facultad de Ciencias Médicas, UNLP.
Dra Kelly Nunes - Instituto de Biociencias, Universidad de San Pablo.
Dr. Daniel J. de A. dos Santos, Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinarias, Universidad Estatal Paulista, San Pablo, Brasil.
Dr Mohini Patil, Gerente de Comercialización de Producto, Affymetrix.

  • Av. 60 y 118 s/n - La Plata

  • Tel.: +54 (0221) 4211799

  • E-mail: secretaria@igevet.gob.ar

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